ロックマンX3

ロックマンXとその頼れるパートナー、ゼロに新たな脅威が立ちはだかる。実験的なユートピア「ドップラータウン」で発生したイレギュラーの暴動の原因は、いったい何者なのか？科学者レプリロイドにちなんで名付けられたドップラータウンは、人間とレプリロイドが平和に共存する場所となるはずだった。レプリロイドをイレギュラー化させるウイルスを発見したドップラーは、その抗ウイルスプログラムで大成功を収めた。しかし、ドップラー自身がウイルスに感染し、イレギュラーハンター部隊を排除するためのチームを結成した。ドップラー効果が今まさに発動しようとしており、ロックマンXとゼロだけがこの致命的なウイルスを治す唯一の希望である！

イレギュラーハンターとして復帰したゼロは、ゼロ特殊部隊の隊長となり、第17精鋭部隊の隊長として活動するXや他のハンターたちと共にイレギュラーの掃討を続けていた。同時に、科学者型レプリロイドであるドップラー博士は、イレギュラーの原因がコンピュータウイルス「シグマウイルス」であることを突き止める研究を行い、特殊な抗体ウイルスを開発し、それをレプリロイドに注入することを提案した。その結果、イレギュラーの数は減少した。さらにドップラー博士は、人間とレプリロイドが共存する平和な都市「ドップラータウン」の建設を宣言し、人間とレプリロイド双方の支持を得た。しかし、数ヶ月後、前述の抗体ウイルスにさらされたドップラーと彼のレプリロイドたちが反乱を起こした。イレギュラーハンターはドップラーと反乱参加者をイレギュラーと認定し、Xとゼロに出動命令が下された。